芒果叶绿体基因组密码子使用偏好性分析（二）

2.2 中性绘图分析

芒果叶绿体基因组GC12的取值范围在0.33～0.56之间，GC3的取值范围在0.18～0.32之间，基因全部落在中线对角线上方（图1）。GC12与GC3的相关系数0.279（表2），双尾检测相关性不显著，回归系数（曲线斜率）为0.3544，相关性较弱。结合图1和表2表明芒果叶绿体基因组密码子第1、2位和第3位碱基之间关联性不大，自然选择在芒果叶绿体基因组密码子偏好使用中起主要作用。

2.3 ENC-plot绘图分析

ENC-plot绘图以ENC比值[（预期ENC值～实际ENC值）/预期ENC值]和ENC比值频数判断偏好性影响因素，揭示ENC与GC3s的关系，反映碱基组对密码子偏好性的影响程度。基因坐标点离标准曲线的距离近且数量较多说明偏好性主要受到突变的影响；反之说明偏好性受选择的影响较大。图2结合表3显示60%共33个基因分布在–0.05～0.05之间，这33个基因的实际ENC值与预期ENC值接近，与标准曲线的距离较近，分布在–0.05～0.05之外的基因有22个，这22个基因与预期ENC值较远，在标准曲线较远的位置。说明芒果基因组密码子偏好性与GC3的差异有关，突变对芒果叶绿体基因组密码子偏好性的影响较大。

2.4 PR2-plot绘图分析

PR2-plot绘图通过分析密码子第3位碱基的组成关系，揭示密码子使用偏好性的影响因素。由图3可以看出芒果基因在4个区域内分布不均匀，多数分布于平面图的左下方。T和C在密码子第3位出现的频率较高，G与C、A与T的使用频率不相等，T的使用频率高于A，C的使用频率高于G，嘧啶的使用频率高于嘌呤，说明突变不是影响芒果密码子使用偏好性的唯一因素，选择等其他因素对芒果密码子使用偏好性也产生一定的影响。

2.5 相对同义密码子使用度分析

利用codonW软件对芒果55条基因序列的RSCU值进行计算（表4）。结果显示RSCU＞1的密码子共31个，出现频率相对较高的是以A（13个）或T（16个）结尾的密码子，是芒果基因组偏爱；以G（1个）或C（1个）结尾的密码子出现的频率较低且RSCU值多小于1，说明这些是基因组非偏好的密码子。
 

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