北方伟业计量集团有限公司
3.2麝香通心滴丸入血成分网络药理学研究
3.2.1作用靶点预测
将麝香通心滴丸8个入血成分上传至PharmMapper数据库后得到的所有靶点,删除重复并整合得到作用靶点249个。通过与GeneCards数据库中的1 778个与冠心病相关基因进行匹配,并通过R软件绘制韦恩图,筛选出134个成分-疾病交集靶点,见表2、图10。再通过Cytoscape 3.7.1软件将8个入血成分与134个成分-疾病交集靶点相连,绘制出麝香通心滴丸的药物-靶点相互作用的网络图,见图11。
3.2.2蛋白相互作用网络构建与分析
将韦恩图得到的134个交集基因输入String数据库中进行分析得到PPI图,见图12,其中包括134个节点,347条边,平均节点度值为5.18,PPI富集P值少于1.0×1016,其中节点表示蛋白,每条边则表示蛋白与蛋白之间的相互作用关系,线条越多表示关联度越大。将String中下载的tsv文件用R语言进行处理(以各蛋白连接的节点个数为指标,列举节点数排名前30个的蛋白),得到PPI中的核心基因丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、酪氨酸激酶(SRC)、磷脂酰肌醇3激酶(PIK3R1)等核心基因,见图13。
3.2.3靶标GO富集分析及通路富集分析结果
利用David 6.7平台对134个药物-疾病交集靶点进行GO富集分析及通路富集分析。GO富集分析包括分子功能分析、细胞组分分析、生物学过程分析,以-lgP值进行排名并列出排名前15的途径,见图14。在分子功能层面主要涉及类固醇激素受体活性、配体依赖性核受体活性等方面;在细胞组分层面主要涉及细胞外基质、细胞质、细胞质囊泡等方面;生物学过程层面主要涉及有机物质的反应、内源性刺激的反应、激素刺激的反应、调节细胞增殖等方面。对富集得到的通路结果,以-lgP值及各通路连接的基因数从大到小进行排名,见图15。通过查阅文献,该8个入血成分可能通过ErbB signaling pathway、VEGF signaling pathway、PPARsignaling pathway等信号通路治疗冠心病。
3.2.4分子对接
将上述8个入血成分与上述互作关系排名前10的核心靶点进行分子对接,结果见表3,结合能(affinity)越小则对接结果越好,affinity<-7表示具有较好的结合活性,可见该8个入血成分与大多数核心靶点对接结果基本较好。其中,去乙酰华蟾毒精与MAPK1结合活性最高,其分子对接细节模拟见图16,可知小分子结合在蛋白的活性口袋,并且有和活性口袋有较好的匹配。
声明:本文所用图片、文字来源《中成药》2020年10月,版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题,请与本网联系
百年征程波澜壮阔,百年初心历久弥坚,从播下革命火种的小小红船,到领航复兴伟业的巍巍巨轮,今天,终于迎来了中国共产党百年华诞!在这普天同庆的日子里,奥科集团热烈举办了“庆祝中国共产党成立100周年”活动。忆往昔峥嵘岁月,看今朝民富国强。未来,奥科集团将继续围绕在党的身边,遵循党的领导,学习党的精神,继续用自身的实际行动来为党的百年华诞献礼!
了解更多> >由江苏省分析测试协会主办,北方伟业计量集团有限公司承办的“实验室质量控制与检测技术创新研讨会”,定于2024年4月25日在南京东官大酒店召开。行业家专大咖齐聚,实室验人员费免参会习学交流,伟业计量诚邀您的莅临!
了解更多> >奥科集团原创大赛——有奖征文活动进行中,活动时间2020.1.1-12.31,全年有效哦,参与投稿不仅可获得丰厚稿酬,更有每个季度,根据作品阅读量评出冠亚军三名,分别发1888、888、688奖金及聘书,还有机会成为奥科集团《技术前沿》专栏作者。
了解更多> >通话对您免费,请放心接听
温馨提示:
1.手机直接输入,座机前请加区号 如13803766220,010-58103678
2.我们将根据您提供的电话号码,立即回电,请注意接听
3.因为您是被叫方,通话对您免费,请放心接听
登录后才可以评论