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基于血清药物化学与网络药理学探究麝香通心滴丸治疗冠心病的机制(三)

发布时间:2020-12-28 17:52 编辑者:夏德婷

3.2麝香通心滴丸入血成分网络药理学研究

3.2.1作用靶点预测

将麝香通心滴丸8个入血成分上传至PharmMapper数据库后得到的所有靶点,删除重复并整合得到作用靶点249个。通过与GeneCards数据库中的1 778个与冠心病相关基因进行匹配,并通过R软件绘制韦恩图,筛选出134个成分-疾病交集靶点,见表2、图10。再通过Cytoscape 3.7.1软件将8个入血成分与134个成分-疾病交集靶点相连,绘制出麝香通心滴丸的药物-靶点相互作用的网络图,见图11。

表2图10

图11

3.2.2蛋白相互作用网络构建与分析

将韦恩图得到的134个交集基因输入String数据库中进行分析得到PPI图,见图12,其中包括134个节点,347条边,平均节点度值为5.18,PPI富集P值少于1.0×1016,其中节点表示蛋白,每条边则表示蛋白与蛋白之间的相互作用关系,线条越多表示关联度越大。将String中下载的tsv文件用R语言进行处理(以各蛋白连接的节点个数为指标,列举节点数排名前30个的蛋白),得到PPI中的核心基因丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、酪氨酸激酶(SRC)、磷脂酰肌醇3激酶(PIK3R1)等核心基因,见图13。

图12

图13

3.2.3靶标GO富集分析及通路富集分析结果

利用David 6.7平台对134个药物-疾病交集靶点进行GO富集分析及通路富集分析。GO富集分析包括分子功能分析、细胞组分分析、生物学过程分析,以-lgP值进行排名并列出排名前15的途径,见图14。在分子功能层面主要涉及类固醇激素受体活性、配体依赖性核受体活性等方面;在细胞组分层面主要涉及细胞外基质、细胞质、细胞质囊泡等方面;生物学过程层面主要涉及有机物质的反应、内源性刺激的反应、激素刺激的反应、调节细胞增殖等方面。对富集得到的通路结果,以-lgP值及各通路连接的基因数从大到小进行排名,见图15。通过查阅文献,该8个入血成分可能通过ErbB signaling pathway、VEGF signaling pathway、PPARsignaling pathway等信号通路治疗冠心病。

图14图15

3.2.4分子对接

将上述8个入血成分与上述互作关系排名前10的核心靶点进行分子对接,结果见表3,结合能(affinity)越小则对接结果越好,affinity<-7表示具有较好的结合活性,可见该8个入血成分与大多数核心靶点对接结果基本较好。其中,去乙酰华蟾毒精与MAPK1结合活性最高,其分子对接细节模拟见图16,可知小分子结合在蛋白的活性口袋,并且有和活性口袋有较好的匹配。

表3图16

声明:本文所用图片、文字来源《中成药》2020年10月,版权归原作者所有。如涉及作品内容、版权等问题,请与本网联系

相关链接:蛋白磷脂酰肌醇类固醇结合

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