枯草芽孢杆菌主要有以下功效：
1、保护环境 枯草芽孢杆菌大量应用于生物肥料。当作用于作物或土壤时，能够在作物根际或体内定殖，并起到特定肥料效应。在提高农作物产品品质和食品安全等方面表现出了不可替代的作用。
2、抗生作用 枯草芽孢杆菌菌体生长过程中产生的细菌素（枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短杆菌素）等活性物质，这些活性物质对致病菌或内源性感染的条件致病菌、植物性寄生线虫有明显的抑制作用。
3、溶菌作用 枯草芽孢杆菌的溶菌作用主要表现在通过吸附在病原菌的菌丝上，并随着菌丝生长而生长，而后产生溶菌物质造成原生质泄露使得菌丝断裂，或者是产生抗菌物质通过溶解病原菌孢子的细胞壁或细胞膜，致使细胞壁穿孔、畸形等现象从而抑制孢子萌发。
4、诱导植物产生抗性及促进植物生长 诱导植物产生抗性作用是指枯草芽孢杆菌不但能够抑制植物病原菌，而且还能够让植物自身抗病机制从而增强植物的抗病性能的作用。枯草芽孢杆菌能够产生类似细胞分裂素、植物生长刺激的物质，促进植物的生长使植物抵抗病原菌的侵害。
5、改良盐碱地 枯草芽孢杆菌可以改变渗透系数，增强毛细作用，进而改善盐渍化。除此之外，枯草芽孢杆菌还能影响土壤微生物的呼吸强度，对土壤当中的菲、苯并芘有着吸附及生物降解功能。
6、改善土壤结构 枯草芽孢杆菌在土壤中形成益生菌环境，促进团粒结构形成，提高土壤保肥保水能力，增加土壤疏松度，促进根系生长。具体表现在，加速养料矿质化，将养分由无效态和缓效态变为有效态和速效态。同时，加速养料腐殖化，分泌植酸酶，降解土壤中大部分的植酸盐；产生生长素，刺激作物生长，提高种子的成活率和出苗率。