RNA甲基化（RNA methylation）是一类表观遗传修饰，在已经发现的超过100种不同的RNA化学修饰中，主要有6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine, m6A）、5-甲基胞嘧啶（C5-methylcytidine, m5C）和1-甲基腺嘌呤（N1-methyladenosine, m1A）。RNA甲基化在调控基因表达、编辑、稳定性及降解等方面扮演重要角色。早在20世纪70年代，人们已经在真核生物的mRNA和lncRNA中发现了m6A修饰。但受制于技术的局限性，无法开展m6A检测尤其是m6A定量分析，甚至是单碱基水平m6A的鉴定。随着高通量测序技术（NGS）的发展以及液相色谱灵敏度的提高，RNA甲基化整体水平的鉴定方法得到了长足的发展。

      目前RNA甲基化整体水平的鉴定所用的技术手段包括液相色谱联用（LC-MS）、比色法以及Dot blotting等。下面就分别来介绍目前较为流行的RNA甲基化整体水平的鉴定方法。

1. LC-MS/MS

     LC-MS/MS在液相质谱的基础上采用串联质谱，能够获得分子离子峰和碎片离子峰，可对碱基同时进行定性和定量分析。第一步使用TRIzol提取完Total RNA后，对mRNA进行富集并去除rRNA。第二步是在37℃条件下，将200-300 ng mRNA用含有25 mM NaCl和2.5 mM ZnCl2缓冲液的核酸酶P1（2 U）消化2 h，然后加入NH4HCO3（1 M，3 μl）和碱性磷酸酶（0.5 U），37℃再孵育2 h后，将RNA从单链消化成单个碱基。