2胶质瘤507E08基因的实验研究和生物信息学探究

摘要：目的报道一条脑胶质瘤相关的全长新基因的生物信息学分析及其研究的结果。方法对507E08克隆子进行了测序, 生物信息学分析和Northern blot分析。结果507E08基因为全长基因, 长度为2002bp, 共编码203个氨基酸, 命名为人核糖体蛋白L14·22。经Northern blot证实507E08基因在人正常脑组织中低表达, 而在人脑胶质瘤中高表达。结论生物信息学是一种有效分析未知基因的工具。507E08基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。

关键词：生物信息学;基因;脑胶质瘤;

Bioinformatic analysis of one full-length gene related to human glioma Abstract：Objective To report a bioinformatic analysis of on e full-length gene related to human glio ma. Methods One gene named 507E08 clone was sequenced, subseq uently analyzed by bioinformatics and No rthern blot. Results The analysis of BLAS Tn and BLASTx showed that clone 507E08 w as novel full-length gene.This gene code d 203 amino acids of protein, and was call ed human ribosomal protein 14.22 gene .Northern blot analysis confirmed that 5 07E08 clone was low-expression in human brain tissue and over-expression in huma n glioma tissues. Conclusion Bioinformati cs is an effective tool to analyze the u nknown gene.The novel full-length gene o f human ribosomal protein 14.22 may be c orrelated with forming human glioma.

生物信息学是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新学科。它通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析, 进而达到揭示数据所蕴含的生物学意义的目的。本实验运用基因芯片筛选出与胶质瘤相关的基因, 并着重对其中一条507E08基因进行了实验研究和生物信息学分析, 其GeneBank登录号为AF329277。

材料与方法

一、材料 ABI377型DNA自动序列分析仪, 美国Applied Biosystems公司。GeneAmp2400 PCR仪, 美国PERKIN ELMER公司。引物由上海生工公司合成。Longase酶, Gibcol公司。Robbins Scientific Model 1000杂交箱购自Robbins Scientific公司。Prime-a-Gene Labeling system试剂盒, 美国Promege公司, cyclone storage phosphor system, 美国Packard Canberra公司, Monitor 5型放射性检测仪, 美国科尔-帕默仪器公司。

主要使用的软件有GCG10.0软件包, EMBOSS软件包0.0.4版, HMMET软件包 (2.0a19MP) , 使用的生物信息数据库有NCBI非冗余核酸、序列数据库NT和NR, 蛋白质结构域数据库PROSITE、PRINTS和PFAM。使用的计算机设备为一台SUN 5500, 配置2个SPARC 400M CPU, 操作系统为Solaris2.7。2台SUN450, 各配置2个SPARC 300M CPU, 操作系统为Solaris 2.7。GCG所带数据库:GenBank Release 110.0, EMBL (Abridged) Release 58.0, PIR-Protein 59.0, SWISS-PROT 37.0, SP-TREMBL 9.0, PROSITE 15.0。

二、方法

1. 测序和生物信息学分析 对一条在脑胶质瘤中有差异表达的基因进行测序, 其中一个克隆子为